De cruce vaticana ex dono Iustini Augusti in parasceve maioris hebdomadae publicae venerationi exhiberi solita commentarius cui accedit ritus salutationis crucis ... auctore Stephano Borgia - Romae, 1779.

Breve istoria del dominio temporale della Sede Apostolica nelle Due Sicilie descritta in tre libri - In Roma, 1788.

Vaticana confessio beati Petri principis apostolorum chronologicis tam veterum quam recentiorum scriptorum testimoniis inlustrata opera et studio Stephani Borgiae - Romae, 1776.

Pii II. Pont. Max. Oratio de bello turcis inferendo eruta ex schedis autographis et anecdotis monumentis illustrata a Stephano Borgia sacrae Congreg. de propaganda fide a secretis - Romae, 1774. ed.

Fragmentum copticum ex actis S. Coluthi martyris erutum ex membranis vetustissimis saeculi V ac Latine redditum quod nunc primum in lucem profert ex museo suo Stephanus Borgia a secretis sacrae congregationis de propaganda fide - Romae, 1781.